تتم إدارة منظمة إيكروم من قبل الجمعية العامة والمجلس.
تجتمع الجمعية العامة في دورة عادية كل سنتين في روما، إيطاليا، وتتكون من مندوبين من جميع الدول الأعضاء في إيكروم، وهم عادة مسؤولين حكوميين أو خبراء مرتبطين بشؤون صون وترميم الممتلكات الثقافية.
وتحدد الجمعية العامة السياسات العامة للمنظمة. وتوافق على برنامج العمل والميزانية لفترة عامين (PWB)، وتنتخب أعضاء المجلس وتعين المدير العام. وتشمل المهام الأخرى للجمعية العامة، الموافقة على تقارير عن أنشطة المجلس والأمانة العامة؛ وتحديد مساهمات الدول الأعضاء، واعتماد النظام المالي ضمن إيكروم، والموافقة على التغييرات ضمن النظام الأساسي.
يقوم المجلس، الذي يعمل تحت سلطة الجمعية العامة، بمراقبة عملية تنفيذ برنامج العمل والميزانية لفترة عامين للمنظمة، ويضع سياسات طويلة الأجل للوكالة بالتعاون الوثيق مع المدير العام. كما يقوم بتوجيه منظمة إيكروم خلال مرحلة وضع برنامج العمل والميزانية، ويقدم تقارير عن التقدم المحرز، ويقدم توصيات إلى الجمعية العامة.
ويضم المجلس 25 شخصا يتم انتخابهم من قبل الجمعية العامة من بين أعضائها الفعليين، وستة أعضاء آخرين يمثلون بحكم المنصب كل من منظمة الأمم المتحدة للتربية والعلم والثقافة (UNESCO) والحكومة الإيطالية والمعهد العالي للصون والترميم (ISCR) والمجلس الدولي للمتاحف (ICOM) والمجلس الدولي للمعالم والمواقع (OSICOM) والاتحاد الدولي لصون الطبيعة (IUCN). وينتخب أعضاء المجلس لمدة أربع سنوات ولفترتين متتاليتين كحد أقصى .
بالإضافة إلى هؤلاء الأعضاء المنتخبين، فإن مجلس إيكروم يضم عدد من الأعضاء الآخرين بحكم المنصب الذي يمثلونه.